Cómo Cumplimentar el Modelo 390 de IVA en E-commerce

Imagina la escena. Es 28 de enero.

Tienes a tu equipo contable sudando frío frente a la pantalla del ordenador. Por un lado, tienes abiertos los infinitos reportes de ventas de Shopify y el Transaction Report de Amazon Seller Central. Por otro, los cuatro modelos 303 que presentaste religiosamente durante el año pasado. Sumas los trimestres, cruzas los dedos y el resultado final no coincide con el volumen de ingresos real que ha generado tu e-commerce. Hay un descuadre de miles de euros y el reloj corre.

Aquí es donde la mayoría se equivoca. Muchos asesores te dirán que el modelo 390 de IVA anual es un simple trámite de “copiar y pegar” la suma de las cuatro liquidaciones trimestrales. Es una trampa mortal.

Para un negocio digital, este documento es la radiografía exacta que la Agencia Tributaria utiliza para cruzar la información de tus ventas nacionales, tus entregas intracomunitarias y tus exportaciones fuera de la Unión Europea. Si los números bailan o las casillas no cuadran, la temida notificación electrónica de Hacienda está garantizada.

Por qué el e-commerce rompe los esquemas tradicionales del IVA

La contabilidad fiscal clásica no soporta la complejidad técnica de una tienda online moderna.

Si tienes una panadería en tu barrio, tus ventas llevan el tipo de IVA español correspondiente y la liquidación es lineal. Fin de la historia. Pero si vendes accesorios a través de tu propia web a clientes de Alemania, utilizas el programa paneuropeo de logística de Amazon (FBA) y cobras a compradores en Estados Unidos, tu facturación se convierte en un puzzle tridimensional.

Según los últimos registros de la Comisión Nacional de los Mercados y la Competencia (CNMC), el volumen del comercio electrónico en España ya supera los 64.400 millones de euros de facturación anual. Ante este pastel millonario, la AEAT ha afilado sus algoritmos de detección de fraude.

Lo que sorprende es que se siga tratando a los sellers digitales con las mismas directrices que a los negocios de calle.

En el resumen anual, las ventas a particulares en otros países de la Unión Europea que ya has liquidado a través de la ventanilla única (modelo 369) no se meten en el mismo saco que tus operaciones en régimen general. Tienen su propio ecosistema normativo. Si cometes la torpeza de duplicar estas bases imponibles en el modelo 390, estarás alertando al fisco de una facturación ficticia y engordando artificialmente tu cifra de negocio declarada.

Para evitar que este castillo de naipes se derrumbe en caso de inspección, es vital que toda tu información contable esté conciliada. Un descuadre aquí afectará inevitablemente a otras declaraciones informativas críticas. Te recomendamos revisar profundamente nuestro análisis sobre el Modelo 347 en E-commerce: Cómo Presentarlo sin Errores, ya que el cruce automático de datos entre ambos modelos informativos es el primer filtro que utiliza Hacienda para seleccionar a quién auditar.

El laberinto de las plataformas: Shopify, Amazon y la cuadratura del círculo

Vender por internet significa ceder el control del cobro a intermediarios que retienen su parte del pastel antes de que un solo euro toque tu cuenta bancaria.

Herramientas de software como Holded o integradores contables como A2X son auténticos salvavidas para procesar el volumen de transacciones. Sin embargo, no hacen magia si la configuración fiscal inicial está mal parametrizada por alguien que no entiende de e-commerce.

Un mito muy extendido en el sector es que la base imponible a declarar en tus impuestos es exactamente el dinero que te ingresa la plataforma en el banco. Falso.

Piénsalo un segundo. Si un cliente te compra un producto por 100 euros (IVA incluido) y la pasarela de pagos te cobra 1,50 euros por la transacción, tú recibes 98,50 euros. No obstante, para los ojos de la Agencia Tributaria, tu venta sigue siendo de 100 euros íntegros. Esa comisión financiera es un gasto deducible que debes contabilizar aparte, nunca una minoración directa de tu ticket de venta. Si declaras sistemáticamente el importe neto, estás cometiendo una infracción continua.

Para dominar esta operativa tan delicada y no arrastrar el error a tu resumen anual, domina la mecánica leyendo nuestro artículo sobre Cómo Contabilizar Comisiones PayPal y Stripe en E-commerce.

Cuidado con las ventas B2B intracomunitarias (VIES)

El escenario se complica aún más cuando tu cliente no es un particular, sino otra empresa europea que dispone de un NIF-IVA válido registrado en el censo VIES.

En estos casos, la factura que emites va sin IVA por la regla de inversión del sujeto pasivo. Estas operaciones no desaparecen del mapa fiscal. No solo van declaradas en el modelo 349 mensual o trimestral, sino que tienen un protagonismo absoluto en el modelo 390. Específicamente, deben figurar en la casilla correspondiente a entregas intracomunitarias exentas (habitualmente la casilla 103).

Si omites estas cifras bajo la falsa creencia de que al no devengar cuota de IVA no afectan al resultado de tu liquidación, te estás buscando un problema enorme. Hacienda cruza constantemente las bases de datos del sistema VIES a nivel europeo con lo que tú declaras en el modelo 390. La más mínima discrepancia genera un requerimiento automático. Tienes todos los detalles sobre este régimen en nuestra guía sobre el IVA B2B en Ecommerce: Guía para Empresas en España.

Modelo 390 vs 303 vs 369: Entendiendo las diferencias en tu e-commerce

Qué cambió en 2025-2026: Novedades fiscales que te afectan

El cerco digital de la Agencia Tributaria se estrecha. El entorno normativo no perdona la desactualización. Lo que hace tan solo un par de años era una zona gris, hoy está completamente legislado.

La llegada obligatoria de VeriFactu (Febrero 2026)

A partir del primer trimestre de 2026, los sistemas de facturación electrónica en España deberán cumplir estrictamente con los requisitos inalterables del reglamento de certificación de software. Según consta en el BOE-A-2026-1761, la AEAT recibirá tus registros de facturación de forma prácticamente instantánea.

Esto lo cambia todo. Cuando vayas a presentar tu modelo 390 en enero de 2027 (correspondiente al ejercicio 2026), Hacienda ya sabrá el importe exacto de tus ingresos. Cualquier alteración manual en un Excel de última hora será detectada al instante por sus sistemas, bloqueando la declaración o emitiendo una paralela automática.

Cruce de datos automatizado con plataformas (Directiva DAC7)

Implementada de manera progresiva, la directiva europea DAC7 obliga a los gigantes del comercio electrónico como Amazon, Etsy, Vinted o AliExpress a reportar los ingresos reales de sus vendedores directamente a las autoridades fiscales de cada país.

Ya no puedes “olvidarte” de declarar las ventas de ese canal secundario que apenas utilizas. Tu modelo 390 debe reflejar la suma exacta de todos tus canales de venta, al céntimo. Si la plataforma informa a la AEAT de que has facturado 150.000 euros y tu resumen anual marca 120.000 euros, la sanción es matemática.

Modificaciones en las casillas y tipos impositivos

Con los recientes ajustes aprobados en los presupuestos del Estado, se han consolidado nuevos tipos impositivos del IVA, como el 2% y el 7,5% para determinados bienes y ciertos recargos de equivalencia.

Si tu e-commerce comercializa productos de nutrición, alimentación o bienes sujetos a regímenes especiales, tu software contable debe estar actualizado para mapear estas nuevas operaciones. El modelo 390 ha incorporado casillas específicas para estos porcentajes. Introducir estas ventas en los apartados genéricos de ejercicios anteriores provocará un error de validación inmediato en la sede electrónica.

Preguntas frecuentes sobre el modelo 390 en E-commerce

¿Es obligatorio presentar el modelo 390 si mi e-commerce no tuvo ventas?

Sí. Siempre que estés dado de alta en la obligación del IVA a través del modelo 036 o 037, debes presentar el modelo 390, aunque sea con valores a cero. Esto sirve para informar a la Agencia Tributaria de tu inactividad comercial en ese ejercicio. No hacerlo conlleva sanción por incumplimiento formal.

¿Qué ocurre si me equivoco al presentar el resumen anual de IVA?

Si detectas el error tú mismo, debes presentar una declaración sustitutiva lo antes posible a través de la sede electrónica. Si corriges el fallo voluntariamente antes de que Hacienda te envíe un requerimiento formal, evitarás las sanciones graves y, en el peor de los casos, solo afrontarás un pequeño recargo por presentación extemporánea.

¿Las ventas por Amazon FBA se incluyen en el modelo 390?

Depende de a quién y desde dónde vendas. Las ventas nacionales enviadas desde un almacén en España sí van en el régimen general. Sin embargo, las ventas despachadas desde almacenes europeos a clientes europeos se declaran y pagan en el modelo OSS (369). Estas últimas no tributan en las casillas de régimen general del 390, aunque debes informar del volumen total de operaciones en apartados específicos de operaciones no sujetas.

¿Tengo que declarar las comisiones de Shopify en el modelo 390?

No como un menor ingreso. Las ventas siempre se declaran por el importe bruto total pagado por tu cliente. Las comisiones de Shopify son gastos corrientes de tu negocio que te deduces en las casillas correspondientes a IVA soportado si llevan cuota, o simplemente se contabilizan como gasto en tu Impuesto de Sociedades o IRPF si vienen con inversión del sujeto pasivo.

¿Cómo afecta la ventanilla única (OSS) al rellenar el modelo 390?

Es un punto absolutamente crítico. Las cuotas ingresadas a través del modelo 369 del OSS no se liquidan de nuevo en el 390. No obstante, el volumen total de estas operaciones intracomunitarias a distancia debe figurar en el apartado de volumen de operaciones (casilla 108 o similares, según la actualización del año) para que la facturación global de la empresa cuadre perfectamente.

¿Puedo ser sancionado si el modelo 390 no cuadra con mi Impuesto de Sociedades?

Completamente. Hacienda cruza automáticamente la base imponible declarada en tu modelo 390 con la cifra de negocios que presentas meses después en tu modelo 200 (Sociedades) o modelo 130 (IRPF). Una discrepancia injustificada entre ambos impuestos es el inicio habitual de una auditoría profunda.

¿Estoy exonerado de presentar el 390 si solo tengo actividad en recargo de equivalencia?

Los comerciantes minoristas que operan exclusivamente bajo el recargo de equivalencia puro están exonerados de presentar modelos 303 y 390. Sin embargo, en el e-commerce esto casi nunca ocurre en estado puro. Si realizas adquisiciones intracomunitarias, importas mercancía de China o vendes servicios digitales, pasas a tener obligaciones que cambian radicalmente esta exoneración.

¿Cuál es el plazo exacto para presentar el modelo 390?

Se presenta de forma telemática desde el día 1 hasta el 30 de enero del año inmediatamente siguiente al ejercicio que estás declarando. Por ejemplo, el modelo 390 correspondiente a toda la actividad del año 2025 se presenta en enero de 2026.

¿Tengo que incluir las ventas a Canarias, Ceuta y Melilla en el 390?

Sí, debes incluirlas, pero van en casillas separadas relativas a exportaciones y operaciones asimiladas (normalmente la casilla 104). Estas operaciones no devengan el IVA peninsular, por lo que mezclarlas con tus ventas de la península generará un error en los tipos medios de tu declaración.

El momento de profesionalizar tu contabilidad digital

En definitiva, el panorama de la fiscalidad digital no da tregua a la improvisación.

Lo que hace cinco años valía como “apaño” contable, hoy es un motivo directo de sanción. Con los datos de los marketplaces e integradores totalmente expuestos a la Agencia Tributaria, tu única línea de defensa real es mantener una contabilidad milimétrica desde el día uno de enero.

No te la juegues haciendo encajes de bolillos la noche del 29 de enero. Si tu e-commerce está escalando, necesitas un equipo fiscal que entienda de algoritmos, de bases de datos y de normativas europeas, no solo de rellenar impresos.